El proyecto AMALGAMA pretende facilitar las labores de investigación en el ámbito del genoma humano definiendo una metodología de trabajo para la realización de estudios GWAS, que facilite tanto la realización de pruebas como la evaluación de resultados, proporcionando un conjunto de recursos reutilizables para la identificación de interacciones entre SNPs de distinta naturaleza

Dicha metodología se basará en el estado de la técnica de estudios GWAS, desde técnicas estadísticas clásicas, hasta las técnicas más novedosas de inteligencia artificial, identificando los puntos fuertes de cada una y sentando las bases de una serie de herramientas que faciliten la preparación de los datos de prueba y el procesamiento de los mismos.